FastX toolkits QC 實做

hints:

1. 由於Sanger Fastq的Quality score定義與Solexa/illumina不同 直接用Fasts tools跑illumina檔案時會某些行出現類似
fastq_to_fasta: Invalid quality score value (char ‘+’ ord 43 quality value -21) 的錯誤

要解決這個問題時 要在command line 上加上  -Q33 就可以了  (reference)

 

 

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FastX toolkit安裝與操作

FASTX toolkit

1. 要安裝前要先確認一下下載頁所提的 Requirements

必需要安裝 libgtextutils

其他視功能需要安裝 PerlIO::gzip, GD::Graph::bars, GNU sed, gnuplot 我是全部都裝了

ps. 安裝application基本上就是 下載 -> 解壓縮 -> ./configure -> make -> make check -> sudo make install

ps. 安裝perl module基本上就1. >cpan module::sub  or  2. >perl -MCPAN -e shell  進cpan shell 後 cpan> install module::sub

2. 我們家的server是安裝CentOS 所以安裝要參考這裡

實際安裝時也碰到了 網友碰到的問題 所以就照他的方法解決

先執行 >export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

之後再一一依照官方文件進行安裝

3. 執行fastq_quality_boxplot_graph.sh 以及  fastx_nucleotide_distribution_graph.sh時出現錯誤訊息

Pango-WARNING **: failed to choose a font, expect ugly output. engine-type=’PangoRenderFc’, script=’latin’

並且畫出來的畫都沒有任何說明文字沒辦法看

參考 (Centos forum)

執行> yum install dejavu-lgc-sans-fonts

就解決了 (其他文章裡有人是簡單的說只要安裝任何一個字形上去就好了)

command line