UCSC bigWig生成(使用wig檔)

1. 先以bedgraph檔建立Wig檔 要移除bed檔上的track與browse 列

  •   step 1,2 Ex> bisBed2Wig.pl -f mm9Brain.Q30L70F70.CpG.bed -m Methy -c read -n -x

2. 使用fetchChromSizes建立chrom.sizes檔

  •   Ex>fetchChromSizes mm9 > mm9.chrom.sizes

3. 使用wigToBigWig建立bigWig檔

  • Ex> wigToBigWig mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.wig mm9.chrom.sizes mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

4. 將begWig檔移到UCSC可存取的URL

  • Ex: http://192.168.205.180/~felix/ucsc/mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

5. 在 custom track 輸入欄 建立bigWig track 並在bigDataUrl= 連結下指定bigWig檔URL

  • custom track create: http://140.113.15.78/cgi-bin/hgCustom?hgsid=53
  • custom track Ex:
    track type=bigWig name=”Liver.CpG.Methylation” color=0,64,127 maxHeightPixels=25:40:100 visibility=full autoScale=off bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.methy.bw
    track type=bigWig name=”Liver.CpG.Reads” color=64,64,64 maxHeightPixels=15:20:40 visibility=full alwaysZero=on bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.reads.bw

PS.  使用bedGraphToBigWig 由bed建立bigWig檔 建出來的檔案內容為空的

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Bismark疑難雜症

Q. 在NGS4上執行bismark能成功建立 C->T 與 G->A transformed reads 但Bowtie2 alignment時失敗 所建的sam檔無alignment資料

錯誤訊息顯示 -L 不能>32 ,但在NGS1與NGS2上都用-L50 而且 NGS4之前跑的參數也一樣

解: 原本在run的bowtie2 是 2.0.0-beta5  後來更新 到 2.0.0-beta7後就突然 不能用-L50

應是新版本的問題

-L 為alignment seed fragment length 愈短速度愈慢  但 sensetivity會愈高

新版為何不能>32 這目前沒時間去查個究竟