denovo assembly
十二月 11, 2012 留下评论
參考 : soapdenovo SOAPdenovo assembler
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十月 9, 2012 留下评论
1. 先以bedgraph檔建立Wig檔 要移除bed檔上的track與browse 列
2. 使用fetchChromSizes建立chrom.sizes檔
3. 使用wigToBigWig建立bigWig檔
4. 將begWig檔移到UCSC可存取的URL
5. 在 custom track 輸入欄 建立bigWig track 並在bigDataUrl= 連結下指定bigWig檔URL
PS. 使用bedGraphToBigWig 由bed建立bigWig檔 建出來的檔案內容為空的
九月 19, 2012 留下评论
Q. 在NGS4上執行bismark能成功建立 C->T 與 G->A transformed reads 但Bowtie2 alignment時失敗 所建的sam檔無alignment資料
錯誤訊息顯示 -L 不能>32 ,但在NGS1與NGS2上都用-L50 而且 NGS4之前跑的參數也一樣
解: 原本在run的bowtie2 是 2.0.0-beta5 後來更新 到 2.0.0-beta7後就突然 不能用-L50
應是新版本的問題
-L 為alignment seed fragment length 愈短速度愈慢 但 sensetivity會愈高
新版為何不能>32 這目前沒時間去查個究竟
九月 5, 2012 留下评论
hints:
1. 由於Sanger Fastq的Quality score定義與Solexa/illumina不同 直接用Fasts tools跑illumina檔案時會某些行出現類似
fastq_to_fasta: Invalid quality score value (char ‘+’ ord 43 quality value -21) 的錯誤
要解決這個問題時 要在command line 上加上 -Q33 就可以了 (reference)
八月 31, 2012 留下评论
1. 要安裝前要先確認一下下載頁所提的 Requirements
必需要安裝 libgtextutils
其他視功能需要安裝 PerlIO::gzip, GD::Graph::bars, GNU sed, gnuplot 我是全部都裝了
ps. 安裝application基本上就是 下載 -> 解壓縮 -> ./configure -> make -> make check -> sudo make install
ps. 安裝perl module基本上就1. >cpan module::sub or 2. >perl -MCPAN -e shell 進cpan shell 後 cpan> install module::sub
2. 我們家的server是安裝CentOS 所以安裝要參考這裡
實際安裝時也碰到了 網友碰到的問題 所以就照他的方法解決
先執行 >export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
之後再一一依照官方文件進行安裝
3. 執行fastq_quality_boxplot_graph.sh 以及 fastx_nucleotide_distribution_graph.sh時出現錯誤訊息
Pango-WARNING **: failed to choose a font, expect ugly output. engine-type=’PangoRenderFc’, script=’latin’
並且畫出來的畫都沒有任何說明文字沒辦法看
參考 (Centos forum)
執行> yum install dejavu-lgc-sans-fonts
就解決了 (其他文章裡有人是簡單的說只要安裝任何一個字形上去就好了)