denovo assembly

參考 :  soapdenovo   SOAPdenovo assembler

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UCSC bigWig生成(使用wig檔)

1. 先以bedgraph檔建立Wig檔 要移除bed檔上的track與browse 列

•   step 1,2 Ex> bisBed2Wig.pl -f mm9Brain.Q30L70F70.CpG.bed -m Methy -c read -n -x

2. 使用fetchChromSizes建立chrom.sizes檔

•   Ex>fetchChromSizes mm9 > mm9.chrom.sizes

3. 使用wigToBigWig建立bigWig檔

• Ex> wigToBigWig mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.wig mm9.chrom.sizes mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

4. 將begWig檔移到UCSC可存取的URL

• Ex: http://192.168.205.180/~felix/ucsc/mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

5. 在 custom track 輸入欄 建立bigWig track 並在bigDataUrl= 連結下指定bigWig檔URL

• custom track create: http://140.113.15.78/cgi-bin/hgCustom?hgsid=53
• custom track Ex:
  track type=bigWig name=”Liver.CpG.Methylation” color=0,64,127 maxHeightPixels=25:40:100 visibility=full autoScale=off bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.methy.bw
  track type=bigWig name=”Liver.CpG.Reads” color=64,64,64 maxHeightPixels=15:20:40 visibility=full alwaysZero=on bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.reads.bw

PS.  使用bedGraphToBigWig 由bed建立bigWig檔 建出來的檔案內容為空的

Bismark疑難雜症

Q. 在NGS4上執行bismark能成功建立 C->T 與 G->A transformed reads 但Bowtie2 alignment時失敗 所建的sam檔無alignment資料

錯誤訊息顯示 -L 不能>32 ,但在NGS1與NGS2上都用-L50 而且 NGS4之前跑的參數也一樣

解: 原本在run的bowtie2 是 2.0.0-beta5  後來更新 到 2.0.0-beta7後就突然 不能用-L50

應是新版本的問題

-L 為alignment seed fragment length 愈短速度愈慢  但 sensetivity會愈高

新版為何不能>32 這目前沒時間去查個究竟

FastX toolkits QC 實做

hints:

1. 由於Sanger Fastq的Quality score定義與Solexa/illumina不同 直接用Fasts tools跑illumina檔案時會某些行出現類似
fastq_to_fasta: Invalid quality score value (char ‘+’ ord 43 quality value -21) 的錯誤

要解決這個問題時 要在command line 上加上  -Q33 就可以了  (reference)

 

 

FastX toolkit安裝與操作

FASTX toolkit

1. 要安裝前要先確認一下下載頁所提的 Requirements

必需要安裝 libgtextutils

其他視功能需要安裝 PerlIO::gzip, GD::Graph::bars, GNU sed, gnuplot 我是全部都裝了

ps. 安裝application基本上就是 下載 -> 解壓縮 -> ./configure -> make -> make check -> sudo make install

ps. 安裝perl module基本上就1. >cpan module::sub  or  2. >perl -MCPAN -e shell  進cpan shell 後 cpan> install module::sub

2. 我們家的server是安裝CentOS 所以安裝要參考這裡

實際安裝時也碰到了 網友碰到的問題 所以就照他的方法解決

先執行 >export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

之後再一一依照官方文件進行安裝

3. 執行fastq_quality_boxplot_graph.sh 以及  fastx_nucleotide_distribution_graph.sh時出現錯誤訊息

Pango-WARNING **: failed to choose a font, expect ugly output. engine-type=’PangoRenderFc’, script=’latin’

並且畫出來的畫都沒有任何說明文字沒辦法看

參考 (Centos forum)

執行> yum install dejavu-lgc-sans-fonts

就解決了 (其他文章裡有人是簡單的說只要安裝任何一個字形上去就好了)

command line