使用Json

Json介紹 

jQuery與Json

php json 中文

在view中使用絕對url [來源]

  • 載入helper “url” : $this->load->helper(‘url’)
  • 在view中使用 <?php echo base_url();?>

在IE9中出現 JSON 未經定義之錯誤 [來源]

$(function() {
    ....
    if (typeof (JSON) == 'undefined') {  $.getScript('script/json2.js'); }
    ....
});
之後就可以用 var response = JSON.parse(json_string);
Advertisements

PHP framework

因為工作上需要用php開發網站
在早先開發了一個業務處理進度管制網站 用的是PHP+smarty+css+jQuery+ajax
PHP跟smarty己經用了很久了 所以主要的挑戰是是jQuery ajax 跟CSS(我以前也幾乎不寫java scripts)
這樣的組合也的確讓網頁流程變得順暢易用得多了

然而原先的規則是網站架構可以在接下來的其他業務處理子系統直接加入
但一方面因為當初急就章的開發,所以要文件沒文件而且很多應急的架構也很混亂
加上另一方面在開發的過程中有很多新的想法 例如子系統模組化
所以就以重開新網站的方式來開發

新架構上有幾點要點

  • 安全管理(用戶認証/操作記錄)
  • 設定檔集中 (以便管理與安裝設置)
  • 好用的介面(ex. jQuery UI)
  • 容易架構子系統,最好像phpBB之類的把資料夾加入後,管理頁設定完成就可以用了)
  • 開發版與正式版切換(最是開發帳號進入後可以直接切換使用正式環境或開發環境)
  • 外部資源管理 (例如 pdf, 圖片…)
  • 系統資源共用(library, database access)
  • 開發規範文件化(模組開發SOP)

然後我就做了一件很厲害的傻事   我自己來寫一個這樣的架構
安全跟設定檔在先前都開發了 所以只要修改套用
但子系統架構的部份 就用模組資料夾與系統登錄表的方式來實現
整個網站就由一個單一進入點”module.php”來切入
當我把模組的部份完成後 因為研究案要趕進度  所以網站就被擔擱下來了
幾個月後 當我重新要開始開發時 又要重新去回憶先前的規劃
但在此時 被我發現了一個好笑的事  原來 其實我主要只是要一個framework
現在其實己經有很多免費的強大好用的PHP framework可以用了 沒想到我卻自己呆呆的在開發一個新的
本人的傻事又多了一椿

以下是PHP framework 簡介
…..待續…..

UCSC bigWig生成(使用wig檔)

1. 先以bedgraph檔建立Wig檔 要移除bed檔上的track與browse 列

  •   step 1,2 Ex> bisBed2Wig.pl -f mm9Brain.Q30L70F70.CpG.bed -m Methy -c read -n -x

2. 使用fetchChromSizes建立chrom.sizes檔

  •   Ex>fetchChromSizes mm9 > mm9.chrom.sizes

3. 使用wigToBigWig建立bigWig檔

  • Ex> wigToBigWig mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.wig mm9.chrom.sizes mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

4. 將begWig檔移到UCSC可存取的URL

  • Ex: http://192.168.205.180/~felix/ucsc/mm9Brain.Q30L70F70.CpG.methy.bw

5. 在 custom track 輸入欄 建立bigWig track 並在bigDataUrl= 連結下指定bigWig檔URL

  • custom track create: http://140.113.15.78/cgi-bin/hgCustom?hgsid=53
  • custom track Ex:
    track type=bigWig name=”Liver.CpG.Methylation” color=0,64,127 maxHeightPixels=25:40:100 visibility=full autoScale=off bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.methy.bw
    track type=bigWig name=”Liver.CpG.Reads” color=64,64,64 maxHeightPixels=15:20:40 visibility=full alwaysZero=on bigDataUrl=http://www.gene.idv.tw/shares/felix/ucsc/mm9Liver.Q30L70F70.CpG.reads.bw

PS.  使用bedGraphToBigWig 由bed建立bigWig檔 建出來的檔案內容為空的