Bismark疑難雜症

Q. 在NGS4上執行bismark能成功建立 C->T 與 G->A transformed reads 但Bowtie2 alignment時失敗 所建的sam檔無alignment資料

錯誤訊息顯示 -L 不能>32 ,但在NGS1與NGS2上都用-L50 而且 NGS4之前跑的參數也一樣

解: 原本在run的bowtie2 是 2.0.0-beta5  後來更新 到 2.0.0-beta7後就突然 不能用-L50

應是新版本的問題

-L 為alignment seed fragment length 愈短速度愈慢  但 sensetivity會愈高

新版為何不能>32 這目前沒時間去查個究竟

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FastX toolkits QC 實做

hints:

1. 由於Sanger Fastq的Quality score定義與Solexa/illumina不同 直接用Fasts tools跑illumina檔案時會某些行出現類似
fastq_to_fasta: Invalid quality score value (char ‘+’ ord 43 quality value -21) 的錯誤

要解決這個問題時 要在command line 上加上  -Q33 就可以了  (reference)

 

 

多處理器應用技巧

**查處理器資訊(核心數 型號…)

>cat /proc/cpuinfo